传说中只要得到分散在地球的12个超星神就能有统治全宇宙的力量。邪恶的“宇宙海盗”抢夺全部的超星神，统治着全宇宙。在强大的邪恶势力面前，为了收复密封舱而英勇作战的叛乱军，也一筹莫展。

450年前的日本战国时期，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星