城市中出現了來歷不明的光病毒。SRC中的Eyes隊成員為要確認光源搜尋至鏑矢島，遇上了對怪獸充滿愛心的預備飛行員春野武藏。此時，光病毒入侵怪獸力特里亞斯體內，力失控，Eyes準備向力發動攻擊，武藏決要阻止，危急中，超人高斯終於回來。

21世纪，地球回复昔日的和平，但此时宇宙坠下一颗陨石，陨石有一个人工的时空囊。地球和平联盟TPC的GUTS小队通过时空囊了解到地球将有大灾难发生。而此时，时空囊预言的两大怪兽·“哥路渣”和“米路巴”先后出现，GUTS小队便根据预言寻找收藏在金字塔的三大巨人的身体。几经寻找后GUTS队员们终于找到金字

450年前的日本战国时期，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星