万年之前，仙王牧云因持有诛仙图而遭人暗算，残魂沉睡万年之后，在天运大陆南云帝国有名的“废物牧云”身上觉醒。牧云初醒，就受到了学生妙仙语的刻意刁难，牧云轻松的就化解了妙仙语的陷阱，并举一反三的说出了更多的炼丹技巧，让门外的炼丹大师莫问赏识不已。回到家中，牧云得知了要与秦家小姐秦梦瑶结亲的消息。秦梦瑶寒

继第一部危机解除后，主人公莫麟找回新的能源恢复往日星球生机。但好景不长，莫麟以天选者的身份再次感应到了祖先天工的指示。莫麟等人从四圣兽口中得知，海文星球将再次面临历史性的考验，一座上古时期的混沌古城，由于凶兽叛乱，使其脱离了原有的运行轨迹，正在向海文星球快速驶近。