一宫绘留奈在国中时期过着单纯的御宅生活。在亲人与表哥二宫时雨的说服下开始挑选想要就读的高中，挑选条件毫无疑问是“可爱的制服”。最终挑选的结果是私立御神乐学园，虽然原本因为“二宫就读”而在最初就剔除，不过一宫在招生指南上看到御神乐星锁穿着制服的模样后马上就回心转意。不过，开学当天对今后生活心情激动的一

《萌菌物语 第二季》讲述拥有用肉眼看见菌能力的少年泽木直保和青梅竹马结城萤进入农业大学所发生一连串的趣事，透过直保和其他人物的互动可以了解许多跟菌相关的知识，也因为直保的特殊能力而招惹许多事情，这次的动画中完全再现了原作里登场的100种以上细菌，一气呵成的热闹的细菌军团"酿"活动