这部电影的故事在某种程度上是基于今年3月上映的最新游戏《樱花大战3》的情节。虽然游戏的主角奥加米中尉讲述了故事的一个方面，但电影揭示了花谷米背后的秘密。奥伽米离开巴黎，结果留下了没有领导人的花谷美，因此一个新的字符将介绍在这里。将由大谷中尉接替的是前小泉的领导人拉切特·阿蒂尔，一个理性主义者和独特的

宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外......

鸣人（竹内顺子 配音）、小樱（中村千绘 配音）和鹿丸三人进入深山寻找走失的雪貂，在回来的路上，他们遭到全副武装的骑士团的袭击。在激烈的对抗中，鸣人和对方的白甲头目特穆金一同跌落悬崖，两人被刚巧路过的商队所救。一路上，两个对手慢慢开始了解，继而得知特穆金要建立一个没有战争和灾难的乌托邦，而鸣人具有的神