在第二部，故事发生在钢铁天使1的29年后，钢铁天使的主人死后把钢铁天使藏在佛像中...高中女学生那一天去神社的地窖放东西时无意中再次唤醒了沉睡中的钢铁天使久留美，此后钢铁天使久留美的两个姐妹都用不同的方式醒了过来，后来的故事姐妹们又由敌人变成了姐妹...

阿兔她们已经升上高中了，阿兔、亚美、真琴、美奈子同考入十番高中。被封印在镜中的死亡月亮纳尼莉娅女王，被一把神秘的声音唤醒，那人替她解除封印，并煽动她的仇恨情绪，使她对美少女战士作出报复。她派出镜之舞娘袭击战士们，并藉流星雨把镜之碎片植入阿卫的身体内，慢慢控制阿卫。为了应付此一危机，刹那从未来回到十番

很久很久以前，人世间鬼怪横行，魑魅魍魉泛滥成灾。当时出现了一个最强的役小角，他降服了拥有强大实力的鬼神为自己所用，以铲除为非作歹的鬼怪。在役小角临死之际，他将鬼神封印，人世间绝少听闻鬼神的消息。时间来到了现代，役小角的后代小明（横山智佐 饰）在命运的驱使下解开封印，可是高傲的前鬼根本不服从小明的役使