故事背景在剧场版《苍穹之法芙娜 HEAVEN AND EARTH》的2年后，由于与来主操的邂逅，龙宫岛获得了与Mir对话的手段，这也给岛带来了可能性。阿尔维斯的孩子们一边进行战斗的准备，一边摸索着理解敌人的方法。2年后的现在，龙宫岛获得了更进一步的进化，理解Festum语言的少女与被Festum所守

被称之为「蓝色城区」的未来城市－－在那里，有个每到晚上就停电而被黑暗笼罩的城镇－－「夜之镇」。 夜之镇的少年真田叶直一直在一个叫做须蜂贺运送的快递公司打工。有一天，叶直接触了一件昂贵的货物，一个被称之为「GAD'」的神秘物质。之后，「GAD」自我分裂，吞噬了周遭的金属物，变成了一个巨大的人形机器「铁

2015年12月《苍穹之法芙娜》系列的续篇《苍穹之法芙娜EXODUS》播出结束以来，该系列就再无新动向。2016年12月29日在日本神奈川举办了“皆城总士生日祭活动”，该活动上宣布了将制作系列新作《苍穹之法芙娜THE BEYOND》的消息。全12话将从2019年起依次在剧场先行上映。其中第1话至第3