“闇之书事件”（参照魔法少女奈叶A's）的10年后。踏入19歳的高町奈叶、菲特·T·哈洛温、八神疾风三人，怀抱着彼此的友情牵绊、为了追求各自的梦想实现而加入时空管理局，并以一流魔导师的身分活跃。 在此当中，出现了新发现的太古遗产“圣遗晶石”（レリック），以及以此为目标而出现的谜样机械兵器“共

在私立莉莉安女子学院里，有着这样一个制度，新入校的学生要选择一位高年级的学姐，两人结为“姐妹”，在校学习的期间，姐姐将全方位的照顾教导妹妹的生活礼仪。在学院里，山百合会的名字如雷贯耳，作为会长的小笠原祥子（伊藤美纪 配音）、鸟居江利子（生天目仁美 配音）和佐藤圣（封口惠美 配音）三人更是学院里女生们