许多年前，宇宙最大魔王弗利萨（中尾隆圣 配音）接连败在超级赛亚人之手，他的残党欲孽则流浪宇宙之中寻找那美克星人的新定居点，以期将弗利萨再度复活。几经周折，军队代理索尔贝（斋藤志郎 配音）利用地球的龙珠把弗利萨带回人间，而这个刚刚复活不久的魔王很快展开了他的复仇计划。半年之后，浩浩荡荡的弗利萨大军降临

在一个风和日丽的日子，草帽海贼团正悠闲地在海上航行。突然，天空中出现一个漂浮的小岛，娜美及时通知各位规避即将到来的龙卷风，她的能力引起了小岛上海贼的注意。这个海贼首领非同寻常，他名叫金狮子史基，在大海贼时代到来前曾和哥鲁德•罗杰拼杀争霸。罗杰被俘后，史基也被投入海底监狱，但他却斩断双脚逃亡，并决心向

在参拜母亲坟墓的回程途中，真嗣和葛城美里遭遇了第七使徒的攻击，关键时刻2号机势如破竹挫败对手，真嗣也由此结识了2号机的操纵者式波·明日香·兰格蕾，与沉默寡言的绫波丽不同，明日香自信张扬，甚至有些自大，在和真嗣相处的日子里，彼此闹出不少的笑话，他们三人分别驾驶着零号机、初号机和2号机，抵抗了第八使徒猛

自西元20XX年，人类从肯亚图尔卡纳湖的湖畔挖出了一个名叫索哈尔(Zohar)的物体之后，便开始对它进行研究，后来有人重建出来所谓的“神之语言”，并建立电脑程式以启动原始索哈尔，进行和上位领域的U-DO(上位领域当中的红色波动存在)连结的连结实验，但很不幸地，从上位领域流入下位领域的能量造成了事象变