正在调查坠落在太平洋上的不明飞行物体的海上自卫队二尉有动贵文（大澄贤也），遇到了突然出现的蓝光，受发光体的影响，导致遗传因子标准的变质，变成了凶恶的怪兽THE ONE。之后，他（THE ONE）从防卫厅内的特殊机关BCST（对生物工程学的研究机关）的监视下逃走，从此就没了音训。另一方面，航空自卫队F

「STAR DRIVER 闪亮的塔科特」的一切开端是发生在南十字岛的地下，在某天晚上，一个被称为“サイバディ”的谜之人形像给“绮罗星十字团”一派解开了人形像的其中一个封印。为了能够完全解开封印，绮罗星十字团以关键的巫女，扬卷和子，为目标而展开行动。就在此时，另一架谜之“サイバディ”道伯恩突然出现了，