主角是一个名叫司三四郎的男孩,那个“笔记本”是电脑控制器,是专门控制柔王丸的内部机体的,这部电脑里也有一个位置是放柔王丸的,后来柔王丸有思想和自主能力了,就不放这里面了。姿3四郎，姿家武馆的传人，但他不潜心钻研柔道而对数码金刚人的制作及比武产生兴趣，他带着他的数码金刚人“柔王丸”，打败了全国的冠军。

中世纪，炼金术士们以巨大的代价从恶魔的手中得到了传说中的永生之酒，凡是喝下永生之酒的人们，正如它的名字那样，将会得到永远不会死亡的肉体。永生之酒带来了希望，却也引发了空前绝后的灾难，因为私欲和利益，与此酒相关的人士一个接着一个失去了踪迹。随着禁酒令的颁布，永生之酒的下落逐渐成为了谜题，然而数年过后，

ガイナックスによる人気ロボットアニメの劇場版「天元突破グレンラガン／紅蓮篇」に続く第2弾。大グレン団は螺旋族王四天王を撃破し、王都テッペリンにて螺旋王ロージェノムとの壮絶な一騎打ちを制したシモン。王都攻略後、瞬く間に文明を構築した人類だったが、宇宙にまでその手を伸ばしたとき、正体不明の敵が現れる……